El anime sigue el argumento del manga con sólo algunas modificaciones menores, como suavizar las lesiones y restar algo de fuerza a los combates, así como la extensión de algunas partes que en el manga sólo se mencionan. La historia en el anime ha sido dividida hasta el momento en dos partes, la primera llamada simplemente Naruto, iniciada el 3 de octubre de 2002, y la segunda, que inició su emisión el 15 de febrero de 2007, recibiendo el nombre de Naruto: Shippūden (Naruto: Crónicas del Huracán), que relata la segunda parte del manga.
Adicionalmente, cuenta con unas sagas comúnmente denominadas relleno, que relatan aventuras no aparecidas en el manga, y que ocurren en el tiempo que separa ambas partes de la historia. El motivo de esto fue dar tiempo a la historia del manga a avanzar para poder adaptarla adecuadamente al anime, contando con material suficiente.